Em ALIEN: Fate of the Nostromo, os jogadores assumem o papel dos membros da tripulação da Nostromo, como Ripley, Lambert, Parker, Brett ou Dallas, em uma luta pela sobrevivência a bordo da nave espacial. O objetivo é coletar recursos, criar itens e completar missões, enquanto gerenciam o moral da equipe para evitar a derrota.

O jogo se desenrola em turnos com fases de ação e encontro. Na fase de ação, os jogadores exploram a Nostromo, trocam itens e utilizam habilidades especiais de cada personagem. Ameaçando a tripulação, o Alien se move pela nave, e os jogadores podem usar o incinerador para tentar contê-lo.

Para vencer, os jogadores devem completar objetivos iniciais e, em seguida, uma das cinco missões finais simultaneamente. O jogo também oferece a opção de adicionar o oficial científico Ash como um desafio extra, que dificulta a coleta de recursos e diminui o moral da tripulação.