Em Bad Bones, os jogadores defendem seus reinos de uma invasão implacável de esqueletos. O objetivo não é derrotar os mortos-vivos, mas sim sobreviver mais do que os oponentes, utilizando tropas, muralhas, armadilhas e até mesmo magia para desviar a horda ou direcioná-la para os reinos vizinhos. Cada jogador controla um herói para combater as ameaças diretamente, além de gerenciar recursos e fortificações.

O jogo se desenrola em turnos simultâneos, divididos em fases de movimentação do herói, posicionamento de armadilhas, avanço dos esqueletos e surgimento de novas ondas de inimigos. A partida termina quando a torre ou a vila de um jogador é destruída, e o último sobrevivente é declarado vencedor. Bad Bones oferece partidas rápidas, com duração média de 30 minutos para até seis jogadores.

Além do modo competitivo, Bad Bones inclui um modo cooperativo onde todos os jogadores trabalham juntos para resistir à invasão. As regras são fáceis de aprender, mas o jogo oferece profundidade estratégica para jogadores experientes. É possível combinar múltiplas cópias do jogo para aumentar o número de participantes e também possui um modo solo para quem prefere jogar sozinho.