Em Yamatai, os jogadores competem para construir palácios, portais Torii e edifícios em um território estratégico. O jogo utiliza cartas de ação que determinam a disponibilidade de navios coloridos, os quais são colocados no tabuleiro a partir de pontos de entrada pré-definidos. A expansão territorial e a conexão entre as construções são cruciais para acumular pontos e recursos.

Durante a sua vez, cada jogador seleciona uma carta de ação, coleta navios, realiza trocas e os posiciona no tabuleiro, respeitando algumas regras de conexão. Além da expansão territorial, é possível construir edifícios em espaços que atendam aos requisitos de cores de navios, ou contratar especialistas com habilidades únicas.

O jogo termina quando uma condição específica é atingida, como a falta de navios de uma determinada cor. A pontuação final é calculada com base nos edifícios construídos, especialistas contratados e recursos financeiros acumulados, tornando Yamatai um desafio estratégico para jogadores que buscam planejamento e otimização de recursos.