Em Nefarious, você assume o papel de um gênio incompreendido, competindo com outros vilões para dominar o mundo através de invenções mirabolantes. Construa dispositivos como raios congelantes, dispositivos de camuflagem e robôs de estimação, gerenciando seus recursos e capangas para superar seus rivais.

O jogo se desenrola em rodadas simultâneas, onde os jogadores alocam seus capangas em diferentes áreas de seu covil para obter dinheiro, adquirir projetos de invenções ou, finalmente, construir seus planos malignos. A interação com os jogadores vizinhos pode gerar bônus, adicionando uma camada estratégica à alocação de recursos.

Nefarious oferece alta rejogabilidade com cartas de "Twist" que alteram as regras a cada partida, exigindo adaptação e novas estratégias. O primeiro jogador a acumular 20 pontos em invenções e superar seus oponentes em pontuação é coroado como o vilão supremo.